Pyrite: Building and Benchmarking Protein-Ligand Pose Ranking Agents

我们引入Pyrite，一个包含1,500对配体-蛋白质复合物的配对姿态排名基准，专家化学家使用3D可视化工具和基于物理的评分进行近似随机，凸显解读可用化学信号的难度。为研究自动化排名，我们引入PyriteRep，一种分子几何、蛋白质-配体相互作用和物理化学评分的结构化表示，并开发两个基于LLM的代理：PyriteReasoner，通过文本推理直接比较姿态，PyriteFeaturizer，生成可执行代码构建逻辑回归特征，可选择性整合LLM子调用生成的特征。